Společnost získala svůj první certifikát za jakost dle ČSN EN ISO 9001 v roce 1998 a od roku 2009 disponuje certifikátem dle ČSN EN ISO 9001:2009.
V oblasti EMS, BOZP a bezpečnosti informací byla  rovněž certifikována mezi prvními stavebními společnostmi. Je držitelkou certifikátu potvrzující shodu systému environmentálního managementu dle ČSN EN ISO 14001:2005, certifikátu systému managementu bezpečnosti a ochrany zdraví při práci dle OHSAS 18001:2008 se zahrnutím novely č. 1 a certifikátu bezpečnosti informací dle ČSN ISO/IEC 27001:2006
Jako jedna z mála společností na českém trhu zavedla systém EMAS a současně vydává každý rok „Environmentální prohlášení“ společnosti zpracované podle Nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1221/2009. V letech 2009 a 2010 společnost Zlínstav a.s. byla oceněna Evropskou unií  za „Environmentální prohlášení“  nominačními  cenami v kategorii Medium organisation. (viz  http://www.emasawards.eu/)